Software-engineer voor medische sequentiebepaling van de volgende generatie

De Genomics Core is een servicefaciliteit van zowel de KULeuven als de UZLeuven. We richten ons op het implementeren van nieuwe NGS-technologieën en deze bruikbaar te maken voor academisch en commercieel onderzoek en voor gebruik in diagnostiek. Ons team bestaat uit 21 mensen met wisselende expertise in zowel het lab als bio-informatica. We zijn op zoek naar een software-engineer die zijn vaardigheden wil gebruiken om een ​​verschil te maken in het leven van patiënten. U krijgt de leiding over een ingrijpende revisie van onze bio-informatica-pipeline. Deze revisie richt zich op de programmeer- en informatica-aspecten van de pijplijn en is bedoeld om meer informatie te extraheren voor de klinische interpretatie van NGS-gegevens. Uw taak zal zich concentreren op drie aspecten: (1) onze huidige pijplijn transformeren naar een op Nextflow gebaseerde pijplijn die het gemakkelijker maakt om te profiteren van parallelle cloud computing, (2) een variantdatabase bouwen en integreren en deze integreren met bestaande NGS-pijplijnen en (3) ) de tumorpijplijn uitbreiden om de informatie

Wat je functie inhoudt

• Je bouwt onze Genomics Core Analysis Pipeline (GCAP) om tot een op Nextflow gebaseerde pijplijn terwijl je de code optimaliseert
• Je ontwikkelt  en breidt een variant-gecentreerde database uit voor gebruik bij gegevensanalyse en met patiëntinformatie om de interpretatie van klinische gegevens te vergemakkelijken
• Je integreert de nieuwe database in de GCAP-pijplijn van Nextflow, gericht op de NGS-pijplijn voor klinische tumoren
• Je neemt  actief deel aan softwarecode- en ontwerp reviews
• Je verzorgt op regelmatige basis de communicatie omtrent je prestaties en voortgang  aan je teamleden en  het management
• Je werkt nauw samen  met je 9 andere Bio-IT- en IT-collega's, en met de andere leden van de Genomics Core. Je hebt ook interactie met collega's van het Centrum voor Menselijke Erfelijkheid (CME) en de UZLeuven IT.

• Je hebt een Master of PhD in Computer Science of vergelijkbaar door werkervaring.
• Je hebt ervaring met het bouwen en onderhouden van databases.
• Ervaring met het bouwen van pijpleidingen van Nextflow is een pluspunt.
• Ervaring met cloudtechnologieën zoals Google Cloud en Docker is een plus.
• Je bent een programmeur die pijplijnen voor data-analyse kan ontwikkelen en onderhouden.
• Je bent in staat complexe databases te bespreken, ontwerpen, ontwikkelen en onderhouden.
• Je bent een pragmatische zelfstarter die proactief, gemotiveerd, teamgericht is en met een sterke arbeidsethos heeft.
• Je toont intellectuele nieuwsgierigheid ? een sterk analytische zin en een snel leervermogen.
• Je wil je vaardigheden op het gebied van softwareontwikkeling toepassen in een gebied dat mensen ten goede zal komen door betere diagnoses te kunnen stellen.
• Je blijft graag op de hoogte van ontwikkelingen in bio-informatica, computationele of industriële trends, en volgt producten en nieuwe projecten op
• Goede mondelinge en schriftelijke communicatie en goede onderbouwde probleemoplossende vaardigheden zijn competenties die je bezit.
• Aantoonbare vaardigheden in projectmanagement en formele technieken voor continue procesverbetering strekken tot aanbeveling